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RNA到DNA的路程

2025-06-10

一、RNA提取


 1、样本裂解:

 组织样本: Trizol用量:每 50-100 mg 组织加 1 mL Trizol,样品体积不应超过 Trizol 体积的 10%。
(1)将动物或植物组织切成小块,在液氮中磨碎或用匀浆器匀浆处理。
(2)将研磨好的组织粉末快速转入装有 1 mL Trizol 的 2 mL 离心管中,在涡旋振荡器上迅速振荡混匀,置于冰上, 待所有的样品研磨完。
(3)裂解产物应呈澄清的透明粘稠液体。对于富含蛋白、脂肪或多糖物质的组织样品如肌肉、脂肪组织和植物结节部位等,匀浆后仍会存留有不溶物质,可于 4℃ 12,000 x g 离心 10 min,然后吸取上清至一新的离心管中。

 细胞样本:
(1)贴壁细胞:吸尽培养液,每 10 cm2培养面积(6 孔板单孔或 35 mm 平皿)加入 1 mL Trizol,用加样器吹打数次,以确保细胞完全裂解,然后转移至离心管中。 注:Trizol 的使用量应由培养皿表面 积决定,而非由细胞数目决定。Trizol 量不足可能导致提取的 RNA 中有 DNA 污染 。
(2)悬浮细胞:离心收集细胞,吸尽液体,每 5-10×106动植物或酵母细胞,或每 1×107细菌细胞加入 1mL Trizol, 用加样器吹打,使其完全裂解,然后转移至离心管中。 注:添加 Trizol 前切勿洗涤细胞 ,以免 RNA 降解。必要时可以用匀浆器来裂解某些细菌或者酵母细胞 。

2、液相分离:

(1)裂解产物于室温放置 5 min,使核酸-蛋白复合物完全分离。(注:此时样品可在-80℃长期保存。 )
(2)每 1 mL Trizol 加入 0.2 mL 氯仿,盖紧管盖,剧烈振荡 15 s,室温放置 2-3 min。
(3)4℃ 12,000 x g 离心 15 min,样品会分成三层:桔黄色的下层有机相,中间层和无色的上层水相。
(4)吸取含总 RNA 的上层水相至一新的离心管中,吸取水相的体积为所用 Trizol 试剂的 60%。

3、RNA 回收

(1)按照每 1 mL Trizol 的最初使用量加入 0.5 mL 异丙醇,颠倒数次混匀,室温放置 10 min。
(2) 4℃ 12,000 x g 离心 10 min,弃除上清,可见胶状的 RNA 沉淀。
(3)按照每 1 mL Trizol 的最初使用量加入 1 mL 75%乙醇,颠倒数次混匀,洗涤沉淀。
(4)4℃ 12,000 x g 离心 5 min,弃除上清。
(5)室温倒置 5-10 min 晾干或真空抽干(不要使用真空干燥离心机,以免 RNA 过干,难以溶解)。
(6)加入适量(如 25uL) DEPC-ddH2O 或 TE 缓冲液,用加样器吹打数次溶解 RNA。
(7)通过 RNA 电泳以及紫外分光光度计检测,确定 RNA 的浓度、纯度和完整性。
(8)所得的 RNA 应立即使用或适量分装后-80℃保存,避免反复冻融。

产品推荐:

货号

产品名称

规格

abs60154

Trizol

100mL/500mL

abs9331

Trizol(总RNA抽提试剂盒)

1kit

abs9259

无酶无菌水

500mL

 

二、逆转录


1、去除RNA中基因组DNA残留:

组分

体积

RNA模板*

≤ 1 ug total RNA 或≤ 0.1 ug poly(A) mRNA

5×gDNA remover buffer

2 uL

gDNA remover

1 uL

Nuclease-free Water (DEPC-treated)

补足至10 uL


混匀,并短暂离心,反应条件为37℃,5 min。
* 采用自备的序列特异性引物时,RNA 模板的量可调整为“≤ 5 ug total RNA 或≤ 0.5 ug poly(A) mRNA”

2、在上述的反应管中,直接添加如下的反转录反应所需组分,进行第一链cDNA 的合成步骤:

组分

体积

gDNA remover 处理后RNA 样品

10 uL

5 x Buffer (with primer)

4 uL

Enzyme mix

1 uL

Nuclease-free Water (DEPC-treated)

补足至20 uL


3、轻轻混匀,短暂离心;42℃孵育15-50 min。注意:复杂模板逆转录温度可升高至50℃,提高反转录效率。
反应时间可根据实验应用场景做适当调整。如合成的cDNA 用作qPCR 模板,则反应条件为42℃孵育15 min。

4、85℃加热5 min 失活Enzyme mix。

5、反应结束后所得的cDNA,请置于冰上进行后续实验或冷冻保存。

产品推荐:

货号

产品名称

规格

abs601510

First-strand cDNA Synthesis Mix With gDNA Remover

50T/100T/200T

 

三、qPCR实验


染料法qPCR (以abs601511产品为例)

用户需自备的试剂:cDNA 或 DNA 模板、引物、ROX Reference Dye/ROX Reference Dye II。

请按照不同品牌荧光定量PCR仪的使用说明书要求进行实验操作。

操作示例:分别以20 μ l和50 μ l PCR反应体系为例:

1、PCR 反应体系的建立:

组分

20uL体系

50uL体系

DNA模板

1uL

1uL

正向引物(10uM)

0.5uL

1uL

反向引物(10uM)

0.5uL

1uL

2×RealStar Green Fast Mixture

10uL

25uL

ROX Reference Dye/ROX Reference Dye II

0.4uL

1uL

RNase-free H2O

补足至20uL

补足至50uL


注:
*模板量: 10-100 ng基因组DNA,或 1-10 ng cDNA 为参照,因不同物种的模板中含有的目的基因拷贝数不同,可对模板进行梯度稀释,以确定最佳的模板使用量。 另外, Two Step RT-PCR 反应的cDNA( RT 反应液)作为模板时的添加量不要超过 PCR 反应液总体积的10% 。
*引物:通常引物浓度以 0.2 μM 可以得到较好结果,可以终浓度 0.1-1.0 μM 作为设定范围的参考。扩增效率不高的情况下,可提高引物的浓度;发生非特异性反应时,可降低引物浓度,由此优化反应体系。为了获得理想的 qPCR 的效果,扩增片段的长度建议为 80-200 bp 。
*不同仪器所需 ROX Reference Dye不同,或需要添加或不需要添加,请根据仪器说明进行操作。

2、PCR 反应条件的设置: 本制品中使用的HotStart Taq DNA Polymerase是利用抗Taq抗体封闭的HotStart DNA聚合酶,如果在PCR反应 前进行模板的预变性,通常设定为95℃、2 min,复杂或高GC模板适当延长时间至5 min。该DNA聚合酶在15 s内可完成至 少300 bp的扩增,可以满足绝大多数的qPCR实验;对于超过350 bp或者高GC含量的扩增子,建议增加延伸时间至60 s或者采用三步法以提高扩增效率。

两步法 PCR 扩增标准程序:

预变性

95℃

2min

 

40 Cycles 

变性

95℃

15s

退火/延伸

60℃

15-30s

溶解曲线(仪器自动设置)



三步法 PCR 扩增程序:

预变性

95℃

2min

 

40 Cycles

变性

95℃

15s

退火

60℃

15-30s

延伸

72℃

30s

溶解曲线(仪器自动设置)


注 : 以上举例为常规 qPCR反应系统,仅供参考。实际反应条件因模板、引物等的结构不同而各异 , 需根据模板、引物、目的片段的特点设定最佳反应条件,并根据比例放大或缩小反应体系。

3、在相应的 Real Time PCR 仪器上完成实验,并分析结果。


产品推荐:

货号

产品名称

规格

应用

abs601511

2×预混实时荧光定量快速PCR反应体系

1.7mL×3

染料法qPCR

abs601512

2×预混实时荧光定量快速PCR反应体系(高浓度ROX)

1.7mL×3

染料法qPCR

abs601513

2×预混实时荧光定量快速PCR反应体系(低浓度ROX)

1.7mL×3

染料法qPCR

abs60305

探针法荧光定量PCR试剂盒

100T/200T/500T

探针法qPCR

abs60307

探针法超级多重荧光定量PCR试剂盒

100T/200T/500T

探针法qPCR


耗材产品推荐:

货号

产品名称

规格

abs7089

0.1mL PCR反应板(透明,半裙边)

1箱

abs7090

0.1mL PCR反应板(透明,无裙边)

1箱

abs7091

0.2mL PCR反应板(透明,半裙边)

1箱

abs7092

0.2mL PCR反应板(透明,无裙边)

1箱

abs7246

荧光定量PCR封板膜(压敏强粘)

1盒

abs7247

荧光定量PCR封板膜(24/48孔,压敏)

1盒

abs7248

PCR封板膜(强粘高透)

1盒

abs7093

100uL PCR 8连管(带盖)

1箱

abs7094

200uL PCR 8连管(带盖)

1箱

abs7119

1.5mL离心管(无菌无酶)

1箱

abs7118

0.5mL离心管(无菌无酶)

1箱

abs7071

10uL滤芯吸头(盒装 无菌无酶)

1箱

abs7074

200uL滤芯吸头(盒装 无菌无酶)

1箱

abs7077

1000uL滤芯吸头(盒装 无菌无酶)

1箱

abs7176

20uL滤芯吸头(盒装 无菌无酶)

1箱

abs7072

10uL吸头(盒装 无菌无酶)

1箱

abs7073

10uL吸头(袋装 无酶)

1箱

abs7075

200uL吸头(盒装 无菌无酶)

1箱

abs7076

200uL吸头(袋装 无酶)

1箱

abs7078

1000uL加长吸头(盒装 无菌无酶)

1箱

abs7079

1000uL吸头(盒装 无菌无酶)

1箱

abs7080

1000uL吸头(袋装 无酶)

1箱

abs7081

1000uL加长吸头(袋装 无酶)

1箱


 

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